E’ tra i luoghi di culto più visitati al mondo, emblema della spiritualità, la basilica di San Francesco ad Assisi si erge imponente su un colle che domina l’intera vallata. Si tramanda che al tempo di San Francesco questo fosse denominato Colle dell’Inferno perché qui venivano puniti i malfattori. Vedendoli in fin di vita, il Serafico avrebbe detto: “Io sono un peccatore, forse ancora più peccatore di loro” e per questo volle essere sepolto qui. Fu così che per volontà di Gregorio IX nel 1228, il giorno dopo la proclamazione del Poverello d’Assisi come santo, vennero avviati i lavori per la costruzione della basilica che fu ultimata nel 1253 sotto il papato di Innocenzo IV.
L’intenzione era quella di costruire un santuario dove conservare le spoglie mortali del Serafico e, nello stesso tempo, dare una chiesa all’ordine dei frati francescani. La basilica fu quindi affidata ai frati della Comunità, che poi costituirono l’Ordine dei Frati Minori Conventuali.
Sin da subito la chiesa rappresentò uno “strappo” rispetto al rigore con cui erano state realizzate fino a quel momento le chiese francescane. Un’eccezione che fu giustificata con il fatto che, attraverso le sue decorazioni, doveva arrivare ai poveri e analfabeti che, non sapendo leggere, avrebbero compreso il messaggio attraverso le immagini. Quanto alla dimensione, fu concepita per accogliere di devoti di una figura di cui si comprese subito l’importanza che avrebbe avuto nella storia del Cristianesimo.
La basilica inferiore, che era già completata nel 1230 quando fu traslato il corpo di San Francesco, precedentemente nascosto per paura che fosse trafugato, in origine aveva una struttura più semplice di quella odierna. Di forma rettangolare in pianta, fu modificata in seguito ispirandosi all’architettura romanica lombarda. Successivamente alla decisione di costruire la basilica superiore, furono aggiunti una campata, il transetto, l’abside, pilastri e contrafforti per sostenere il peso della basilica superiore.
Le due basiliche si distinguono ancora oggi per stile e funzione: vicina allo stile romanico quella inferiore, manifesto del gotico la superiore; chiesa tombale con cripta sotto, aula monastica e cappella papale sopra. La basilica superiore si presenta con una facciata a capanna, arricchita nella parte alta con un raffinato rosone. L’interno, ad unica navata, presenta quella che è considerata la più completa raccolta di vetrate policrome medievali.
Il fiore all’occhiello del complesso sono gli affreschi che rappresentano dei capolavori immortali dell’arte italiana. Le decorazioni iniziarono dalla basilica inferiore con la Maestà dipinta da Cimabue, una vera meraviglia che spinse i committenti ad affidargli anche gli affreschi di una parte della basilica superiore. Sua la Crocifissione del transetto di sinistra. Tra gli altri artisti impegnati negli affreschi della basilica inferiore ci sono Simone Martini e Giotto. A quest’ultimo è attribuito anche il ciclo pittorico dedicato le Storie di San Francesco, 28 scene che raccontano i momenti più significativi della vita del Serafico e che rappresentano una pagina indelebile di storia dell’arte.
Dal 1965 al 1983 il complesso fu oggetto di lavori di consolidamento della struttura e salvaguardia degli affreschi, poi il sisma del 1997 provocò il crollo della volta della basilica superiore in due punti, danni al timpano sud del transetto e la distruzione di 130 metri quadrati di affreschi. La basilica fu chiusa per due anni nel corso dei quali fu eseguito il restauro.
Nel 2000 è stata inserita nel beni del patrimonio Unesco.