E’ stato il luogo di riferimento di tutta la vita di San Francesco, simbolo ancora oggi di fraternità e di perdono. Nella chiesetta della Porziuncola il Serafico decise di vivere secondo il Vangelo, da qui fondò l’ordine dei Frati minori, qui la notte del 3 ottobre 1226 morì. Situata all’interno della basilica di Santa Maria degli Angeli, prende il suo nome dal piccolo appezzamento di terra su cui sorgeva: la portiuncula, ossia piccola parte.
Secondo una leggenda questa chiesetta sarebbe stata costruita sotto papa Liberto (352-366) da quattro pellegrini arrivati da Gerusalemme che edificarono un Oratorio dedicato alla Vergine Assunta, circondata da un bosco di querce. Intorno al 500 San Benedetto lo ebbe in dono e al suo posto eresse la chiesetta della Porziuncola. Ai tempi di San Francesco versava in uno stato di abbandono. Il Serafico la restaurò con le proprie mani e ne fece il suo rifugio. La ottenne quindi in dono dai frati Benedettini del monte Subasio.
Qui si spogliò delle ricchezze per seguire il Vangelo, questa fu scelta come sua dimora e sempre in questo posto nel 1211 consacrò Chiara d’Assisi. Nel 1216, pregando il Signore per la salvezza degli uomini, ottenne da Dio “l’Indulgenza del Perdono“. Ottenne infatti da Cristo e dalla Vergine che gli erano apparsi la promessa che quanti, nel corso dei secoli, si fossero recati a pregare nella Porziuncola, avrebbero ottenuto la completa remissione delle loro colpe: il Perdono di Assisi. Ancora oggi l’indulgenza plenaria, il perdono di tutti i peccati commessi, può essere ottenuta visitando il santuario in particolare il 2 agosto.
Dal punto di vista architettonico la Porziuncola è costituita da un unico ambiente, 4 metri per 7, con una piccola abside. Qui si trova la pala d’altare del 1393 di Ilario da Viterbo dove, in cinque tavole, è narrata la storia del perdono. Un recente restauro ha riportato alla luce il pavimento originario “cocciopesto”. L’affresco sulla facciata è del pittore Friedrich Overbeck e rappresenta Francesco che chiede a Gesù e Maria la concessione dell’indulgenza plenaria. Sulla parete esterna dell’abside è raffigurata una Crocifissione, attribuita a Pietro Vannucci, il Perugino.
Nel XVI secolo papa San Pio V volle far costruire la basilica di Santa Maria degli Angeli quasi a “custodire” la Porziuncola. Il progetto fu affidato a Galeazzo Alessi. Iniziata nel 1569 con il vescovo d’Assisi Filippo Geri, fu completata nel 1679. Nel 1832 un sisma provocò il crollo della facciata e della volte della navata centrale ma la cupola che proteggeva la Porziuncola rimase intatta.
Ispirata nella facciata ai modelli del barocco romano, la basilica presenta alla sua sommità una statua in bronzo della Vergine Maria alta circa 8 metri. Lunga 115 metri e divisa in tre navate, al suo interno, all’inizio del presbiterio sulla destra accoglie la cappella del transito dove morì San Francesco, un semplice vano in pietra in cui originariamente era situata l’infermeria del convento primitivo. Conserva il cingolo, ossia il cordone di San Francesco. La cappella durante le celebrazioni resta chiusa.